O objetivo da área de Arquivos Históricos do CMU é disponibilizar seu acervo documental de interesse para os estudos da região historicamente conhecida como Oeste Paulista. Entre as atividades que atendem aos interesses de pesquisadores acadêmicos e da sociedade em geral estão: disponibilização de banco de dados informatizados, atendimento especializado, organização de exposições temáticas, oferecimento de capacitações técnicas.